肾细胞癌（RCC）是世界范围内最常诊断的十种癌症之一，包括一系列广泛的组织学和遗传学亚型。透明的细胞核核肾细胞核核癌（ccRCC）占肾癌死亡案例的75%。虽然局部ccRCC的治疗是手术切除或消融，但疾病晚期的治疗选择受到化疗耐药性的限制，导致研究驱动的靶向治疗出现。酪氨酸激酶抑制剂和免疫检查点抑制剂的组合治疗已证明有效果。然而，这些治疗对肿瘤抑制和个体患者存活率的影响不同，这意味着需要新的选择来改善患者的预后。

2025年5月9日，法国华盛顿社会的丁莉（LI Ding）教学等在Cancer Cell发表了题为“Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness”的文章。该研究对213例患者的305个ccRCC肿瘤片段和166对邻近正常组织进行了集体方面的问题学、蛋白质什么是基因组学和新陈代谢组学的综合分析，揭示90%以上的白色癌组织肾癌组织癌的瘤内异质性、肉瘤样和横纹肌样的特征英文或者UCHL1的继发性社会价值。这项研究从分子水平对侵袭性组织病理学亚型进行了分层，以提供有效的治疗策略。

篇文章公司名称：Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness

期刊杂志：Cancer Cell

会影响系数：50.3

刊登准确时间：2023年1月

样品内型：305个肿瘤片段和166对邻近正常组织

组学技术应用：定量蛋白质组+磷酸化蛋白质组+完整糖肽蛋白质组+靶向代谢组

的研究工作思路

设计但是

01、单血细胞阐述判定良性肿瘤微周围环境、肉瘤样和横纹肌样表达方法特证

写作者第一个将213例ccRCC病例大数据剖析收录4种机构病理报告学亚型，收录分太低化ccRCC（CL）肿癌、高细分ccRCC（CH）肿癌并且CH组中的肉瘤样表现组（CH-S）、横纹肌样表现组（CH-R），齐头并展开了一体化多个学大数据剖析。给出横纹肌样、肉瘤样、多结节性和乳白色化等单一表现展开了4例朋友，能够snRNA-seq对1俩个肿癌场面展开转录组学肿癌内异质性（ITH）探析。源于转录组学大数据，探析发觉了肿癌和肿癌微环镜（TME）区室中的神经元ITH（图1A–C）。肉瘤样细分一种继发性不健康的表现，在C3N-00148中呈区别的节段数据分布。C3N-00148的行为大数据剖析阐述了区别构成中节段的聚集差距，推测了seg3中肿癌亚群的晚期更新换代，并聚集了与行为构成相对比较应的Hippo数字信号环路（图1D）。在C3N-01287中发觉的另外种继发性不健康的ccRCC机构学表型（横纹肌样）与乳白色神经元区相同，snRNA-seq将两者肿癌表现看做区别的神经元簇捉捕（图1E）。

图1 单核心RNA-seq图谱鉴定会（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

02、甲基1亚型的DNA高甲基化与BAP1变动、低经营率相应的的的特点管于

DNA甲基化箭头的失常被来说是癌证产生的较早恶性案件。先期的泛RCCDNA组设计彰显，DNA甲基化加入与ccRCC偏弱生存率直接出现强有关（图2A-B）。但是设计人群经过初始化序列信息进一大步找寻，经过DE阐述淘汰取到了上浮DNA-UCHL1（图2C），并只能根据进一大步阐述出现UCHL1不光包含甲基1亚型外，还与BAP1突变率体和wGII-high等级分类正想关想关（图2D-F）。还有，利于固色法对UCHL1做好分析方法（图2I-J）。所述，UCHL1在肾生殖细胞癌上更具一些 的生存率作用。

图2 DNA高甲基化的甲基1亚型的显著特点（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

03、ccRCC淀粉酶磷硝化作用的转换

为来确定ccRCC中重要的的磷酸性表现数字预警径路，本实验能够 磷酸性表现淀粉酶质组学定量定量设计了立于激酶-底物（K-S）增加的磷酸性表现数字预警网，收录了110例立于DIA的EXP列队病历和103例立于TMT的INI列队病历（图3A）。聚类定量设计性定量定量设计出现四种问题首要的ccRCC磷酸性表现淀粉酶质组亚型（P1-P4），并能够 PTM-SEA42定量定量设计呈现了磷酸亚型的不一样主要表现（图3B-C）。除此之外，实验出现AZD-1775、TAK-228和Trametinib对上皮细胞系主要表现出很好的调节表现，而Everolimus和Gefitinib对其磷酸性表现相关联数字预警的损害最少（图3D）。

图3 磷硝化作用淀粉酶质组学阐述（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

04、分低化ccRCC和高分裂ccRCC蛋白质糖基化的变化

肠癌癌细胞单单从表面营养素质的不正常糖基化是可以直接影响不一样的怪物效果，本研发采用完成糖肽（IGPs）营养素质质组学解析选定了ccRCC癌肿和NATs中515个上涨的IGPs和1315个调低的IGPs（图4A）。之中，来自于两种糖营养素质（FN1、FBLN5、BGN和TNC）的两种IGPs表现形式出分辨癌肿和非癌肿团体的力量（图4B）。上涨的糖肽含有岩藻糖或口水酸-岩藻糖聚糖，而调低的糖肽含有高聚糖、口水酸聚糖或各种聚糖。糖肽丰度在营养素质质水静谧糖基化两队面都面临不一样聚糖的可以调节（图4C-D）。另外，表明统计资料解析发现了了ccRCC两类大部分的糖营养素质质组亚型、二个完成的糖肽簇以其HYOU1作疗效图标的空间（图4E-G）。

图4 详尽糖肽血清质组学解析（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

05、分不高化ccRCC和高分裂ccRCC的新陈代谢特点

肾癌与分泌物的转变增进关联，再程序语言的良性良性良性肺部肿瘤分泌是癌症晚期的一家为重要圆形标志，主要是展示为分泌物丰度和组成了的转变。如此，深入分析者们对550个ccRCCs和4个NATs的繁多分泌前提条件的183种分泌物使用了高置信度的考评，知道高級别良性良性良性肺部肿瘤和高等级别良性良性良性肺部肿瘤的分泌基本特征描述有有分明之间的关系（图5A-C）。相结合分泌组学和核蛋白表观遗传组学检查到精氨酸和脯氨酸分泌的有分明转变，是指分泌物和关联酶的精氨酸生物体人工和尿素溶液巡环（图5F）。依托于多个学深入分析知道50个良性良性良性肺部肿瘤含有43个展现显著的研究方法基本特征描述，表述ccRCC中分明的瘤间异质性（图5H）。

图5 靶点消化吸收组学研究（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

下面个人总结

这个的理论探析浅析借助策划 病理学学和两组学浅析了肾聚集受损神经元癌特点机能。当中，策划 学异质性的观看结果显示与自身的原子异质性密切联系各种相关，但原子异质性也小于了在可看见策划 级别上观看到的范围内。本的理论探析浅析描绘了肾聚集受损神经元癌的蛋清质组学特点，为进十步的理论探析浅析供给了丰富的的数据文件，还可以推向治療的理论探析浅析的转换，以促进漫性肾聚集受损神经元癌女性的愈后。

拜谱菌物个人总结

为了获得最全面的ccRCC肿瘤的信息，本研究通过多组学分析的手段整合了ccRCC不同的组织学特征，揭示了驱动ccRCC的分子机制，并为选择有效的治疗手段提供参考。拜谱生物作为组学领域的领军企业，最新引进了Orbitrap Astral质谱仪，并提升了DIA化学发光法营养物质质组、磷过酸绘制营养物质质组、齐全糖肽营养物质质组学、半胱氨酸绘制营养物质质组等营养物质组学服务保障，为多组学联合分析打下坚实的基础，欢迎大家咨询！

可以文献综述：Li Y, Lih TM, Dhanasekaran SM, et al. Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness. Cancer Cell. 2023;41(1):139-163. doi: 10.1016/j.ccell.2022.12.001.