在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

深入分析结论

1、从光敏提升神经元中截取DNA热塑胆固醇质

要为分離光交连核球核营养物质酶-DNA包覆物于LC-MS解析，做者研发好几回种变形纯化计划书，可从DNA中去要不是交连核球核营养物质酶，仅在阳光照射时依据可以直接基因遗传组相处聚集DNA交连核球核营养物质酶。用TRIZOL生成复染质并弄掉入狱获的非交连核球核营养物质酶，但是将其立即溶化以做出RNase肠蠕动不良。依据彩超截段偶然所得核球核营养物质酶交连DNA的生成物，在硫氰酸胍中蒸煮变形，并在二腐蚀硅抽滤柱上剧烈地洗條以去要不是交连核球核营养物质酶就此完整。依据核酸酶加工从DNA中保持光交连核球核营养物质酶，并做出胰核球核营养物质酶酶肠蠕动不良于LC-MS解析。该工艺名称为核球核营养物质酶交连DNA生成或XDNAX。

图1.血清质交连DNA提炼或XDNAX程序流程（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随时接觸DNA的血清质图谱

将光化学交联的方法利用于MCF7細胞，发展了1,805种侯选人淀粉酶，在其中1,191种发生于3个或更大次重叠中。60%的DNA能够 功能组代有核酸融合的GO注解，在匮乏核酸融合注解的淀粉酶质中，比较大的贡献者来自于核纤层淀粉酶，二是参与活动脱色质阻止和細胞分化的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可可以相处 DNA 的球核苷酸（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结范文了DNA间接效果组所蕴含的球核苷酸-DNA程序界面和其中包含的核苷酸交连肽。这还有致使（1）球状DNA综合节构域、（2）DNA 综合起居不规律区（IDR）和（3）致使与别的球核苷酸（举个例子组球血清综合球血清）、RNA（举个例子剪接指数）或相分开区室（举个例子核仁球血清）间接效果而引发的区域环境达到。

图3 . 可随便接触性 DNA的结构特征域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法神经元扰动这段时间与DNA整合的转录指数公式

生长皮质刺击素类多巴胺受体α（ESR1）驻回到胞质溶胶中，终究会遭遇其配体，闪避易位到神经血细胞质核，在哪儿它与染色体组中的某一区域环境融合以激话某一的转录系统。将血清饥饿的MCF7神经血细胞质暴晒于高极量生长皮质刺击素类（10 nM 17β-雌二醇）4五分钟的英文，与模似整理的比神经血细胞质相比这些食品的DNA主动影响组（图4A）。至少，生长皮质刺击素类刺击后DNA主动影响组中的ESR1延长了30倍（图4B）。总的再说，在1,814个酶联免疫法的蛋白酶酶质-DNA主动影响中，约有9%表明出少于2倍的为显著发生变化，并洞察分析到与ESR1兼备主动影响的蛋白酶酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙办理乳房癌人体细胞 DNA 间接的功效组的定量分析比效（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

的钻研進入表观遗传组的核蛋清酶酶质以熟知 它是怎么样才能被识别并付诸时间的，持久是钻研员工1个持久的寻求。表观遗传组可及性主耍以DNA为中心局的方面确定的钻研，或许，到现阶段即可，染色剂质妇科凝胶中的什么样核蛋清酶酶质与DNA 情况高中物理互相的功效尚不了解清楚。采用零多远光化学交联，可发展DNA互相的功效组中的基本上数核蛋清酶酶质，XDNAX能力将最为核蛋清酶酶质-DNA互相的功效的钻研的厉害交通工具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、绘制组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

借鉴毕业论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.