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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表现出广的菌物灵活性，其中包括抗恶性肿瘤和抗虫毒功效。基本，三萜是在甲羟戊酸方法合成图片的，并从当然仿真植物和真菌感染中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探讨本文。该探讨出现三萜类类化合物虫草粉酸（GA）是依据液體养育的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物转成呈现的。经过转录组和淀粉酶质组学的技艺进两步科学探索无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT呈现不同灵芝粉粉酸（GA）的管理机制，并会根据多个学的技艺检则到的差别的表观遗传和差别的淀粉酶，预测DHT 菌物炼制 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和作用分类别

按照对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体开始转录组测序共达到67230个转录本和142915个单遗传染色体。在此类单遗传染色体中，493个被签别为性别差异表现遗传染色体（DEGs），在当中213个表现上浮，279个表现降低（图1A）。GO丰度定性分享后，DEGs涵盖生物工程期间（BP）、神经元化学物质（CC）和碳原子的功能（MF）3类。在BP专业类中，出現了前两个子专业类：抗生素类分解的产生期间，醋酸钠盐产生期间和甲酸盐产生期间;而在CC专业类中，神经元外区、突触软型体、突触架构是前两个亚类。这对于MF专业类，甲酸脱氢酶（NAD）活力酶类酶类、脱色恢复备份酶活力酶类酶类和酸氨（或酰胺）相连酶活力酶类酶类是前两个亚专业类（图1B）。在DEGs的KEGG数据通道定性分享中，前30条丰度度最底的数据通道有27条归于产生，在当中二氧化氮产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生数据数据通道有明显丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和的功能的分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

根据对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体来蛋清质组学概述一下，大概判断了16,457种特点肽、2606种蛋清质和2588种降钙素原检测蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求水平下，在这些2606种蛋清质中，94种被评定为不同展示蛋清（DEPs），这里面52种上涨，42种调低（图2A），图2C展现了不同展示蛋清的聚类概述法概述一下热图。从GO概述一下而言，BP分类展现，绝往往是数DEPs参与的乙酸盐消化吸收的过程中中、抗菌素化解消化吸收的过程中中和药物治疗化解消化吸收的过程中中。CC类DEPs在内部外区、过腐蚀物酶体和微体中平均水平最大的人，腐蚀回归酶怪物学和甲酸脱氢酶（NAD）怪物学在MF类中DEPs的标准最大的人（图2B）。与转录组后果类同，KEGG环路概述一下展现，大量DEPs在消化吸收中含有，这里面3条最含有的路线是光合怪物学中的碳固品牌定地方、碳消化吸收和MAPK信息环路（图2D）。显然，根据概述一下GO数据统计库的CC对DEPs来亚内部品牌定位概述一下和标注（图2E），DEPs重点分布点在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs怪物学合成视频的重点地方。

图2|球蛋白组的酶联免疫法解析和功效认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物变为和参考组侯选DEGs和DEPs创作了维恩图，有20个异同展示DNA（图3A）。对转录组和核脂肪酸组中E组和C组有的DEGs/DEPs使用聚类算法阐述，察觉到mRNA和核脂肪酸内有1几个调整DNA和几个上涨DNA，DEGs及其全文翻译的DEPs展示总体水平呈正对应内容，应用于Pearson的对应内容标准值阐述，在转录组和核脂肪酸组内查重到相比较较高的对应内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）在线检测报告单展现，E组和C组13个DEGs的体现品质不一直性相关性，这当中9个为上浮DEGs，1个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现前景与转录多组分析报告单一直。

图3|球蛋白组的参考值定量分析和职能确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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